将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！　　这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶

艾之墓监狱舰在皇冠城附近坠毁，羁押着霸天虎囚犯的休眠舱四散各地。丹尼和罗素父子俩住在皇冠城外，丹尼爱好收集二手机械物品，拥有一大片“废料场”。大黄蜂带领着一队年轻气盛的汽车人 - 循规蹈矩的学警铁腕、叛逆的横炮、自命不凡的恐龙机器钢锁、颇有喜感的迷你金刚黑面神，以该废料场作为基地，在父子俩的协助下