在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。

博世开始了他职业生涯的下一个篇章，发现自己与他曾经的敌人哈尼·钱德勒（Honey Chandler）共事。

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博世开始了他职业生涯的下一个篇章，发现自己与他曾经的敌人哈尼·钱德勒（Honey Chandler）共事。